Undervisningen foregår på samme måde, indtil 1860, da tanken om en navigationsskole med eksamensret på Fanø begynder at slå an. Initiativet kom fra distriktslæge J. H. Lorck. I vinteren 1859 - 60 holdt han flere møder med beboerne i Sønderho og Nordby, hvor sagen drøftedes. Senere tog han til København for personligt at engagere myndighederne i planerne og undervejs blev han kraftigt støttet af konsul J. Chr. Nielsen i Hartlepool.

Nielsen var født på Fanø den 24. juni 1824, hans far var skibsfører Hans Hansen, og børnene var døbt Hansen, men antog til stamnavn Nielsen. Han kom til Ringkøbing i købmandslære hos købmand Chr. Husted, som hans far havde ført skib for. Efter udstået læretid rejste han til Hamborg og derfra kom han til Newcastle 20 år gammel og uden en skilling på lommen, flyttede senere til Hartlepool og i denne by arbejdede han sig op og blev en af de betydeligste mæglere og skibsredere samt en meget anset mand, der blev betroet mange æresposter, var to gange mayor og gjorde meget for byens opkomst, men glemte aldrig sin fødeby. For at få skolen i gang, rejste han til København for at forebringe sagen for marineministeren, som dengang var den fra jordomsejlingen så berømte Sten Bille.

Det traf sig så heldigt, at admiralen netop dengang boede hos grosserer Schoubo, der var fra Ringkøbing. Dette bevirkede, at Nielsen sammen med Schoubo blev godt modtaget, og efter nogen tale frem og tilbage kunne Nielsen vende tilbage med det løfte af ministeren, at denne skulle se at ordne det nødvendige hurtigst muligt og få den ønskede indrømmelse i lighed med de andre statsanerkendte navigationsskoler.

 J. H. Lorck

For at sikre skolen en økonomisk støtte kædedes denne sammen med etablering af en badeanstalt og der blev oprettet et aktieselskab for begge virksomheder. Selskabet blev dannet på et møde den 21. marts 1860 og til bestyrelsen valgtes distriktslæge J. H. Lorck, sognefoged M. J. Nørby og postekspeditør C. W. Kolvig. Til repræsentanter valgtes skipper P. Ankersen, skibsbygmester J. Th. Hansen, høker N. Hansen Ende, konsul J. K. Bork, møller P. Thyssen, møller M. J. Mortensen, tømmermester A. L. Berg, skipper J. P. Svendsen, agent N. Sonnichsen, Sønderho og sognefoged P. Sonnichsen, Sønderho.

Konsul Bork blev formand og kasserer blev skipper J. P. Svendsen. 

Et par dage senere købte man en bygning ejet af P. Duysen, Nordby og E. Mathiasen, Hjerting, ved Nordby færgebro for 3.800 Rdl. Bygningen blev senere anvendt som toldbod. Skolen havde lokaler her til november 1893, hvor forstander L. Nic. Sørensen opførte en ny og tidssvarende bygning ved Vestervejen

S. Hempel

Den 6. april 1860 valgte man navigationslærer Hempel til forstander, og skolen får samme økonomiske bistand som hidtil var givet skolerne i København, Svendborg, Århus, Randers og Ålborg. 

Konsul J. Chr. Nielsen tegnede sig straks for 40 aktier á 25 Rdl. og udsatte en flidspræmie (1 oktant), der skulle uddeles årligt til de flinkeste elever.

I løbet af et par dage blev der tegnet aktier for 5.000 Rdl. og i Ribe Stiftstidende kunne man læse følgende:

"Undervisningen i denne Skole, der ledes af S. Hempel, hidtil Lærer ved Navigationsskolen i Kjøbenhavn, vil tage sin Begyndelse den 1. oktober d. A. - Ifølge Marineministeriets Resolution af 13. Juni d. A. vil der blive afholdt Navigationseksamen i Nordby paa Fanø to Gange om Aaret i Tiden mellem 15. og 30. April og 15. og 30. September, forsaavidt mindst 3 Elever fra denne Skole ønsker at indstille sig til Eksamen. Skolen er forsynet med gode Instrumenter og alle andre for Undervisningen nødvendige Rekvisitter og Hjælpemidler. Hvad Eleverne til eget Brug behøver af Søkort, Lærebøger, Almanakker, Bestikker osv. vil de ved Skolen kunne erholde for den samme Pris, hvorfor disse Genstande kunne købes i Kjøbenhavn. De unge Søfolk, der ønsker at deltage i Undervisningen i denne Skole, bedes om desangaaende at gøre skriftlig Anmeldelse til Bestyrelsen for Navigationsskolen paa Fanø".

Skolen blev indviet den 6. oktober 1860 under navnet Frederik VII's Skole - kongens fødselsdag.

Om selve indvielseshøjtideligheden finder vi følgende i Ribe Stiftstidende for 11. oktober 1860: 

"Paa Fanø fejredes Hs. Majestæt Kongens Fødselsdag paa en smuk Maade ved Indvielsen af den nye Navigationsskole. Kl. 11 indfandt en talrig Forsamling sig i den med Dannebrogsflag og Blomsterguirlander festlig smykkede Badesalon; over Talestolen var Kongens Portræt anbragt. Efter Afsyngelsen af Psalmen: "I Jesu Navn bør al vor Gjerning ske" holdt hr. Pastor Kuhlman Indvielsestalen og lyste Herrens Velsignelse  over den nye Skole. Derefter gav Formanden for Navigationsskolens Bestyrelse nogle historiske Meddelelser om Skolens Tilbliven og udtalte sig om dens fremtidige Virksomhed, idet han indtrængende opfordrede hver især til efter Evne at frede om det saa godt begyndte Værk, at gjøre sig Skolens høje Betydning ret levende og klar og at bidrage sit til, at den benyttes paa rette Maade. De Unge opfordrede han til ret levende at paaskønne, hvad Skolen bydem dem, og tilføjede det Ønske, at ingen af dem nogensinde maatte komme til at angre, at de havde forsømt at benytte Lejligheden, da den gaves dem. Derefter meddelte Formanden, at han gennem Indenrigsministeriet havde modtaget et kongeligt Reskript, hvorved Hans Majestæt paa derom indgiven for Fremtiden fører Navn af "Frederik den Syvendes Navigationsskole paa Fanø". Efter Afsyngelsen af nedenstaaende Sang istemmede derpaa Forsamlingen et nidobbelt enthusiastisk Hurra for Hans Majestæt Kongen, hvormed Højtideligheden sluttede. 

Den første eksamen afholdtes 18. april 1861, hvor kun én elev var indstillet. Han bestod breddeeksamen og tog længdeeksamen 16. september samme år.

Der skulle have været 7 elever indstillet men de seks blev udtaget til orlovs og måtte derfor rejse til København. Her fik de lejlighed til at blive eksamineret af navigationsdirektør Tuxen som hørende til Fanø Navigationsskole. De tog alle 1. karakter. 

I året 1861 var skolen besøgt af 45 elever, hvoraf 16 bestod eksamen, heraf 13 med 1. karakter. Den 1. januar var skolens antal 31, deraf 22 fra Fanø, de øvrige forskellige steder fra. 

Skolen havde dog nogle kritiske år til at begynde med, da der allerede i 1861 var stor indkaldelse til orlovs, så skolen mistede mange elever, men i 1863 og 64 var det rent galt, da var der en tid kun 2 elever på skolen. At det for såvel ejerne som for forstanderen var tab at drive den, sige sig selv, men det værste var, at Hempel kom ud af vane med at blive i skolen. I 1861 kom der til Fanø 8 kanonjoller med 21 mands besætning til hver, de lå her med fuld udrustning til krigen i 1864 brød ud, da blev jollerne udrustet og under løjtnant Hammers kommando patruljerede man mellem øerne og fastlandet; da fjenden tog landet, blev jollerne stukket i brand, og mandskabet toges til fange.

Hempel gjorde naturligvis bekendtskab med officererne og ligeledes med en officer der i 1865 var på Fanø for opmåling, og den slags ting hjalp til at fjerne Hempel fra skolen mere end godt var.

Hempel havde selv en kutter, som var hans stolthed, den var bygget af Jens Ussing, som også ejede en, der var rigget med tre master. Disse med lærer og elever ombord foranstaltede af og til kapsejlads, det var mere spændende end at sidde på skolebænken. 

I perioden 1. januar 1870 til 1. januar 1885 udgik der til styrmandseksamen følgende antal: