Fanøhusenes indretning er stort set skåret over samme læst uanset husenes størrelse. En forstue (frangel) adskiller beboelse og stald. Beboelsen opdeles på langs af en hovedskillevæg. På hovedskillevæggens sydside ligger en stue (sønder donsk) med adgang fra forstuen og efter denne stue følger gerne endnu en stue og måske et kammer. På den anden side af hovedskillevæggen ligger køkkenet – ligeledes med adgang fra forstuen – og efter køkkenet følger en dagligstue (nørre donsk). I tilslutning til køkkenet er der spisekammer og i de store huse med to ildsteder er spisekammeret samt bryggersildstedet og den tilhørende bageovn anbragt i staldafdelingen. Stalden er yderst beskeden og har fortrinsvis rummet får og et par køer. Til stalden hører desuden en tærskelo.
De fleste huse byggedes på ”Syldstien”, som var større eller mindre kampesten, de lå synlige i jordoverfladen, så man var oppe over grundvandet.
Som oftest murede man med enkelt mur, dvs. en sten på langs. De mere velhavende brugte dobbelt mur. Husene er tækket med strå, eller rettere tagrør, der blev høstet på is om vinteren, og derfor omtales som istag i brandtaksationerne. Rørtagenes mønning eller rygning udføres med lange engtørv, ”sadder”, og skorstenspiber er altid anbragt i rygningen.
Skillerummene var næsten altid gode norske brædder.
Højden fra gulv til loft var som oftest ca. 190 cm og gulvet blev lagt oven på jorden med et underlag af klæg, for at hindre grundvandet i at stige op over gulvet. Gulvene var hvidskurede og strøet med hvidt sand, for at tage for skidt og møg. Der blev ofte lavet kunstfærdige mønstre i sandet, en husmors stolthed
Loft, panel, døre og vinduer var hvidmalede med en blå tone. Ved alle dørgreb – både ved døre, skabsdøre og sengedøre – var der malet sort. På hjørnerne af dørlisterne var der messingskrueknapper, hvilke sammen med messingdørgrebene holdtes skinnende blanke.
Vinduerne var små, ca. 33 tommer høje og 36 tommer brede, 12 små ruder i hver karm. Der var kun et vindue i hver stue, der kunne lukkes op, æ slavinder.
Yderdørene (æ Yddedar) var delt i to, en øverste og nederste – æ Ovedar og Nejdar. I den øverste halvdel sad der en lille oval rude.
Over udgangsdøren fandtes det såkaldte ”Arkengab”, en luge hvorigennem hø (æ Hjøgel) og andet blev bragt ind på loftet.
N. M. Kromann skiver i sin ”Gammelmandssnak om Fanø” (1953), at på matroser og styrmænds huse var stikkene hvide, mens de på skipperhuse var malede med striber i sort, grønt og hvidt. En ældre Sønderhomand fortalte Kromann, at betydningen skulle være:
Sort: kampen for tilværelsen
Grønt: fred
Hvidt: hvile i alderdommen
En anden udlægning er:
Sort: døden
Grønt: håbet
Hvidt: livet
De ældre brønde var opført af kampesten, med klæg bagved, senere anvendtes mursten, med mos imellem stenene. Brønden kunne også være sat på ”sadder” (græstørv). Brønden (æ Kield) var enten vippebrønd eller en vindebrønd. Senere blev brønden erstattet af pumpen.
Møddingen (æ Modding) var nærmest en fordybning i jorden, uden tag eller indhegning, hvor aljen og regnvandet samledes i skøn forening.
Rundt om huset lå en brolægning af mindre kampesten, og foran indgangen enten en flad møllesten eller større kampesten.
Til husene hørte også en lille have, kålgården.
Gavltrekanten var med lodret bræddebeklædning, der var grønmalede.