1600-tallets søfart på Hjerting var domineret af skippere fra fastlandet. På en liste i Vardes toldbøger over indkomne både til Hjerting i 1670 kom således alle skipperne fra fastlandet, de fleste fra Ho og Hjerting, enkelte fra Vejers, Sjelborg og Ringkøbing, og ikke en eneste Fanø-skipper forekom. Dette ændrede sig dog i de følgende årtier. I 1680’erne blev der udstedt privilegier, som gjorde det nemmere at drive søfart uden om købstaden. Det gav grobund for en mængde småskippere ved toldstedet i Hjerting, hvoraf de fleste kom fra Nordby og fortrinsvis sejlede til og fra Elben med jydepotter og fisk. Tonnagemæssigt fyldte de ikke meget, for bådene var meget små, men antalsmæssigt oversteg de langt skipperne fra fastlandet. De mange småskippere på Fanø var med til at danne grundlag for en voldsom vækst i Fanøs sejlskibsfart, og i slutningen af 1700-tallet stjal Fanø-søfarten helt billedet.  

I årene op mod 1800 gik den vestjyske handelsflåde stærkt frem. Relativt steg den vestjyske andel af provinsens samlede flåde fra 5 til 10 % og tonnagen nåede op på niveauet for 1642. væksten skete helt overvejende på Fanø, mens Hjerting gik tilbage. Sønderho voksede stærkest takket være nærheden til Ribe, mens Nordby fandt samarbejdspartnere blandt godsejere og købmænd i Ribe, Varde og Ringkøbing. Skibene var dog meget små og gik fortsat kun i Nordsøfart.  

De vestjyske købstæder synes næsten helt at have opgivet tanken om fastlandshavne med en hjemmehørende flåde. 

 I stedet blev skibene koncentreret på øerne, mens købstæderne nøjes med deres gamle ladesteder og pramfarten for den beskedne varemængde, der skulle gennem byerne. Fannikerne rejste med deres egne fisk og Vardebøndernes jydepotter og gik også ud i international fragtfart. Hjemme lå skibene kun for vinteren. 

 Omkring 1750 anløb hollandske skibe igen i nogle år Ribe som udtryk for, at der forbigående var kommet fart i studehandelen. Mere betydningsfuldt var det, at købmanden Jens Rasmussen Rahr flyttede sine skibe fra Hjerting til henholdsvis Ribe og Nordby. Han opbyggede i de næste tredive år Vestjyllands største rederi med skibe i hvalfangst og koffardifart. Det vides ikke hvorfor han opgav Hjerting som havn, men Ribe red fik igen liv med årlige anløb af 40 til 70 skibe i 1780’erne og 90’erne.  

For Nordby var der en gevinst ved, at Jens Rahr begyndte en samarbejde med skibsbygmesteren Lorenz Holst, og dermed blev der gang i skibsbyggeriet i Nordby havn. I 1770’erne vandt større fartøjer indpas og antallet af skibe voksede. I 1789 var Fanø-flåden blevet den 4. største i den danske provins. I perioden 1776 – 1896 blev der bygget over 1100 skibe på Fanø.